Predavači
Dr. sc. Nevenka Meštrović Radan: Izdvajanje DNA za filogenetske analize (predavanje)
Lančana reakcija polimerazom (PCR) ; RFLP; Kloniranje odsječaka DNA u plazmidni vektor (predavanje)
Dr. sc. Helena Ćetković: Određivanje slijeda nukleotida odsječaka PCR (sekvenciranje) (predavanje)
Dr. sc. Branka Bruvo Mađarić & dr. sc. Martina Podnar Lešić: Filogenetske analize (predavanja i rad na računalu)
OPIS TEČAJA: Molekularna filogenija je znanstveno područje koje se bavi rekonstruiranjem evolucijske povijesti tj. srodstvenih odnosa među organizmima na temelju razlika/sličnosti primarne strukture njihovih gena tj. filogenetskih biljega. Analiza srodstvenih odnosa može se provoditi na različitim razinama: između jedinki unutar populacija, između vrsta ili viših taksonomskih kategorija. Metodama molekularne filogenije rekonstruiraju se filogenetski odnosi koji se prikazuju u obliku filogenetskih stabala. Polaznici ovoga tečaja naučit će kroz teoretski dio i praktičan rad kompletan postupak filogenetske analize počevši od izdvajanja ukupne genomske DNA iz organizama pa sve do izrade filogenetskog stabla. Model organizmi će biti kukci iz roda Tenebrio i Tribolium, a za filogenetsku rekonstrukciju koristit će se mitohondrijalni geni COI i 16S rRNA. Tijekom prvog dana tečaja, kroz predavanja, bit će objašnjen postupak izdvajanja DNA, umnažanje željenog odsječka metodom PCR, pročišćavanje odsječka i njegova priprema za određivanja slijeda nukleotida (sekvenciranje). Polaznici će, kroz praktični rad na računalu, naučiti provoditi kako osnovne analize slijeda nukleotida tako i kompleksne filogenetske analize kao što su pronalaženje homolognih sljedova u banci gena (BLAST pretraga), sravnjivanja sljedova (engl. alignement) i filogenetske analize (engl. distance, maximum parsimony, maximum likelihood, Bayesian), zatim RFLP, rekonstrukciju filogenetske mreže metodom statističke parsimonije, te izradu i analizu filogenetskog stabla. Sve analize provodit će se na računalima (PC i Apple Macintosh, po dva polaznika na jednom računalu) uz pomoć specijaliziranih računalnih programa (ClustalW, BioEdit, Modeltest, Paup, MrBayes, MEGA, TCS, TreeView).
UPOZORENJE: Tečaj je prilagođen polaznicima koji su prošli osnovni tečaj «DNA i RNA», odnosno onima koji poznaju osnovne tehnike rada s DNA kao što su izdvajanje DNA i PCR.
Raspored sati
| Ponedjeljak | Utorak | Srijeda |
|---|---|---|
| 9.00-9.30KAVA, upoznavanje sa programom | ||
| 9.30-10.30 Izdvajanje DNA za filogenetske analize (predavanje) |
9.00-12.30 Filogenetske analize (rad na računalu) | 9.30-12.30 Filogenetske analize (rad na računalu) |
| 10.30-12.30 PCR, kloniranje (predavanje) | 12.30-13.00 prezentacija GOREA PLUS |
12.30-13.00 prezentacija POLO PLUS |
| ručak 12.30-13.30 |
ručak 13.00-14.00 |
ručak 13.00-14.00 |
| 13.30-15.00 Određivanje slijeda nukleotida (predavanje) |
14.00-18.00 Filogenetske analize (rad na računalu) |
14.00-18.00 Filogenetske analize (predavanje i rad na računalu) |
| 15.00-18.00 Filogenetske analize (predavanje i rad na računalu) |
18.00-20.00 završna riječ, cheese and wine |
Cijena po polazniku:
2820 kn* (tečaj 2000 kn + priručnik «Metode u molekularnoj biologiji» po kojem se na tečaju radi 820 kn). U cijenu su uključeni svi materijalni troškovi i ručak tijekom tri dana tečaja.
*Oni koji su već nabavili priručnik ili ga ne žele kupiti plaćaju samo cijenu tečaja 2000.00 kn.