Dr. sc. Koraljka Gall Trošelj: Izdvajanje DNA
Dr. sc. Maja Herak Bosnar: Izdvajanje RNA
Dr. sc. Silva Katušić Hećimović: Lančana reakcija polimerazom (PCR)
Dr. sc. Helena Ćetković: Određivanje slijeda nukleotida i analiza
Dr. sc. Brankica Mravinac: Kloniranje odsječka PCR u plazmidni vektor
Dr. sc. Neda Slade: Reverzna transkripcija i Real-Time PCR

OPIS TEČAJA: Ovaj tečaj obuhvaća osnovne metode rada s DNA i RNA gdje polaznici, uz nadzor znanstvenika, sami izvode eksperimente. Prvi korak će biti izdvajanje DNA iz tkiva metodom s fenol/kloroformom, dok će se izdvajanje RNA provoditi pomoću guanidin izotiocijanata i kisele fenolne ekstrakcije. Nadalje, polaznici će naučiti metodu lančane reakcije polimerazom (PCR) kojom mogu analizirati izdvojenu DNA. Za analizu ekspresije gena naučit će metodu PCR u realnom vremenu (Real Time PCR) nakon reakcije reverzne transkripcije (RT – Real Time PCR). Zatim će polaznici provesti pripremu uzorka DNA za određivanje slijeda nukleotida (sekvenciranje), kako se to radi u DNA servisu na Institutu Ruđer Bošković. Naposljetku, naučit će kako klonirati odsječak PCR u plazmidni vektor i time zaokružiti svoje osnovno znanje o DNA i RNA analizama.

Raspored sati

Cijena:

Cijena po polazniku je 4100 kn. U cijenu su uključeni svi materijalni troškovi i ručak tijekom pet dana tečaja.
Na tečaju se radi po priručniku «Metode u molekularnoj biologiji».
Cijena priručnika: 820 kn.

prijavi

Dr. sc. Nevenka Meštrović Radan: Izdvajanje DNA za filogenetske analize (predavanje)
Lančana reakcija polimerazom (PCR) ; RFLP; Kloniranje odsječaka DNA u plazmidni vektor (predavanje)

Dr. sc. Helena Ćetković: Određivanje slijeda nukleotida odsječaka PCR (sekvenciranje) (predavanje)

Dr. sc. Branka Bruvo Mađarić & dr. sc. Martina Podnar Lešić: Filogenetske analize (predavanja i rad na računalu)

OPIS TEČAJA: Molekularna filogenija je znanstveno područje koje se bavi rekonstruiranjem evolucijske povijesti tj. srodstvenih odnosa među organizmima na temelju razlika/sličnosti primarne strukture njihovih gena tj. filogenetskih biljega. Analiza srodstvenih odnosa može se provoditi na različitim razinama: između jedinki unutar populacija, između vrsta ili viših taksonomskih kategorija. Metodama molekularne filogenije rekonstruiraju se filogenetski odnosi koji se prikazuju u obliku filogenetskih stabala. Polaznici ovoga tečaja naučit će kroz teoretski dio i praktičan rad kompletan postupak filogenetske analize počevši od izdvajanja ukupne genomske DNA iz organizama pa sve do izrade filogenetskog stabla. Model organizmi će biti  kukci iz roda Tenebrio i Tribolium, a za filogenetsku rekonstrukciju koristit će se mitohondrijalni geni COI i 16S rRNA. Tijekom prvog dana tečaja, kroz predavanja, bit će objašnjen postupak izdvajanja DNA, umnažanje željenog odsječka metodom PCR, pročišćavanje odsječka i njegova priprema za određivanja slijeda nukleotida (sekvenciranje). Polaznici će, kroz praktični rad na računalu, naučiti provoditi kako osnovne analize slijeda nukleotida tako i kompleksne filogenetske analize kao što su pronalaženje homolognih sljedova u banci gena (BLAST pretraga), sravnjivanja sljedova (engl. alignement) i filogenetske analize (engl. distance, maximum parsimony, maximum likelihood, Bayesian), zatim RFLP, rekonstrukciju filogenetske mreže metodom statističke parsimonije, te  izradu i analizu filogenetskog stabla. Sve analize provodit će se na računalima (PC i Apple Macintosh, po dva polaznika na jednom računalu) uz pomoć specijaliziranih računalnih programa (ClustalW, BioEdit, Modeltest, Paup, MrBayes, MEGA, TCS, TreeView).

UPOZORENJE: Tečaj je prilagođen polaznicima koji su prošli osnovni tečaj «DNA i RNA», odnosno onima koji poznaju osnovne tehnike rada s DNA kao što su izdvajanje DNA i  PCR.

Raspored sati

Cijena po polazniku:

2820 kn* (tečaj 2000 kn + priručnik «Metode u molekularnoj biologiji» po kojem se na tečaju radi 820 kn). U cijenu su uključeni svi materijalni troškovi i ručak tijekom tri dana tečaja.

*Oni koji su već nabavili priručnik ili ga ne žele kupiti plaćaju samo cijenu tečaja 2000.00 kn.

prijavi